<div dir="ltr">I make the new project file folder because I need to use the code in dune-grid. And there are some instructions on how to make use of the code in dune-grid by the tutorial "The DUNE Buildsystem HOWTO“.<div>
I am not  very clear what should I do to the psurface <a href="http://make.in">make.in</a> and <a href="http://configure.ac">configure.ac</a> so I can make use of the code in </div><div><font color="#500050" face="arial, sans-serif">/dune/grid/io/file/vtk/vtk/. Should I put the lib and folder name into <a href="http://make.in">make.in</a>? </font></div>
<div> best,</div><div> xiaoxue<br></div><div><span style="color:rgb(80,0,80);font-family:arial,sans-serif;font-size:13px"><br></span></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Jul 26, 2013 at 8:12 AM, Markus Blatt <span dir="ltr"><<a href="mailto:markus@dr-blatt.de" target="_blank">markus@dr-blatt.de</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Xiaoxue,<br>
<br>
I must admit, I am totally confused now. The last time you reported<br>
about your changes to psurface, you did that as advised by<br>
cloning psurface, creating a branch, and comitting your changes. Oliver<br>
answered to your blog entry on this list and commented and requested<br>
some changes, see<br>
<a href="http://lists.dune-project.org/pipermail/dune-devel/2013-July/000383.html" target="_blank">http://lists.dune-project.org/pipermail/dune-devel/2013-July/000383.html</a><br>
. Unfortunately, there was no response to his email (at<br>
least until your new report).<br>
<div class="im"><br>
On Thu, Jul 25, 2013 at 04:13:06PM -0400, Xiaoxue Gong wrote:<br>
> I have write a new psurface-convert code to convert the psurface into vtu<br>
> file format. The code (in new project dune-psurface-convert) is save is<br>
> git://<a href="http://gitorious.org/dune-psurface-convert/dune-psurface-convert.git" target="_blank">gitorious.org/dune-psurface-convert/dune-psurface-convert.git</a><br>
> This is I have made use of  the vtu writer in /dune/grid/io/file/vtk/vtk<br>
> writer.hh, instead of  the third party code. It is written in a more<br>
> C++-like style.<br>
<br>
</div>It seems like you did address the comments of Oliver in this new<br>
project. What I do not understand is why you did not apply these<br>
changes to the repository that you already created like advised (xiaoxueiriss-psurface).<br>
<br>
Instead, you create a brand new repository (dune-psurface-convert), which seems to include the<br>
code of psurface, but is not a clone of it. This means it does not<br>
have the commit history of psurface available. On my system the<br>
complete history looks like this:<br>
<br>
mblatt@legolas:~/src/dune/gsoc/iris/dune-psurface-convert$ git log<br>
commit 67b3982d6ee7d0f2074be5749cc5ef73da6dc7ca<br>
Author: irisxiaoxue <<a href="mailto:xiaoxue198912@gmail.com">xiaoxue198912@gmail.com</a>><br>
Date:   Thu Jul 25 15:42:01 2013 -0400<br>
<br>
    xi<br>
<br>
(Nice commit comment by the way ;) I think you should definitely read<br>
<a href="http://tbaggery.com/2008/04/19/a-note-about-git-commit-messages.html" target="_blank">http://tbaggery.com/2008/04/19/a-note-about-git-commit-messages.html</a> )<br>
<br>
Now this poses a serious problem for our collaboration as nobody will<br>
be able to easily apply your changes to the upstream psurface<br>
repository. The cause of this is that git has no way of knowing what<br>
part of your initial commit is made by you and what part is from the<br>
upstream psurface repository. Additionally there are many<br>
automatically created files in that commit, that should not be there<br>
(e.g the symbolic link am pointing to<br>
/home/xiaoxue/GCoS/0722/dune-common-2.2.1/am, autom4te.cache, etc.)<br>
<br>
If this is the way it was supposed to be, then please explain your<br>
reasoning for doing it this way. Otherwise you will have to transfer<br>
your changes manually to your original xiaoxueiriss-psurface<br>
repository. Please make sure that for a fresh checkout of the<br>
repository  the only additional files (compared to the upstream<br>
psurface repository) are really needed and not some automatically<br>
created ones. Please do this fast as we otherwise have no means to<br>
evaluate your changes.<br>
<br>
Additionally please comment on what of the points of the original work<br>
plan of Oliver<br>
<a href="http://lists.dune-project.org/pipermail/dune-devel/2013-June/000356.html" target="_blank">http://lists.dune-project.org/pipermail/dune-devel/2013-June/000356.html</a><br>
you adressed until now.<br>
<div class="im"><br>
> The code could deal with the <a href="http://cube.par.am" target="_blank">cube.par.am</a> and <a href="http://sphere.par.am" target="_blank">sphere.par.am</a>.<br>
<br>
</div>What does could mean?<br>
<div class="im"><br>
> The out put is<br>
> shown in the attachment. I have trouble reading the <a href="http://trice.par.am" target="_blank">trice.par.am</a>, with an<br>
> error message of  "You're trying to read a file in the old-style AmiraMesh<br>
> format.<br>
> But the format is not supported anymore :-(".<br>
<br>
</div>I am afraid you have to deal with this alone, as I am no AmiraMesh<br>
expert and Oliver is not available until August 11. Maybe a simple<br>
websearch for "amira User's Guide" might help? If it does not we have<br>
to postpone this issue until Oliver is back<br>
<div class="im">><br>
> The amiramesh have the following information<br>
>  1) 'Patches'<br>
>   2) 'BaseGridVertexCoords<br>
>   3) 'BaseGridTriangles'<br>
>   4) 'NumNodesAndParameterEdgesPerTriangle'<br>
>   5) 'Nodes'<br>
>    For each node, five floats are stored containing first the local<br>
> position in<br>
>    barycentric coordinates on the respective triangle and x, y, and<br>
> z-coordinates of   the image position.<br>
>   6) 'ParameterEdges'<br>
>      All edges of the graphs on all triangles.  Each entry is a tuple of<br>
>      two integers storing the indices of the two endnodes of the edge.<br>
>      The counting starts anew for each triangle.  The three invented<br>
>      corner nodes always have the indices 0, 1, and 2, respectively.<br>
>   7) 'EdgePoints<br>
><br>
> I stored the vertices (2) and nodes (5) (node positions) into point<br>
> coordinates. The Triangles (3) and Edges (6) are stored as cell in vtu.<br>
> Patches(1) is stored as cell data. The imagine position is stored as the<br>
> point data on nodes and vertices. I have not figure out how to store Edge<br>
> Points yet.<br>
> Do you think it is the right way to store the psurface information into vtu<br>
> file?<br>
<br>
</div>Please add some more elaborate documentation on the format you used<br>
for storing psurface information into vtk files to the<br>
repository under directory doc. Additionally add documentation on how to<br>
replicate your results. Once that and merge of the two repositories as<br>
detailed above is done, I will evaluate it. Before that this is not<br>
possible. Please also note that this is mandatory for the approaching<br>
midterm evaluations.<br>
<br>
BTW you need to notify us once this is done.<br>
<br>
<br>
Best regards,<br>
<br>
Markus<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
--<br>
Do you need more support with DUNE or HPC in general?<br>
<br>
Dr. Markus Blatt - HPC-Simulation-Software & Services <a href="http://www.dr-blatt.de" target="_blank">http://www.dr-blatt.de</a><br>
Hans-Bunte-Str. 8-10, 69123 Heidelberg, Germany<br>
Tel.: +49 (0) 160 97590858  Fax: +49 (0)322 1108991658<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dune-devel mailing list<br>
<a href="mailto:Dune-devel@dune-project.org">Dune-devel@dune-project.org</a><br>
<a href="http://lists.dune-project.org/mailman/listinfo/dune-devel" target="_blank">http://lists.dune-project.org/mailman/listinfo/dune-devel</a><br>
</font></span></blockquote></div><br></div>