<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none;"> P {margin-top:0;margin-bottom:0;} </style>
</head>
<body dir="ltr">
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Hi,</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
My name is Zac, I'm trying to use the Dune Python API (dune-fempy, I believe) to solve a PDE on the unit square in which I have periodic boundary conditions on the left and right. </div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
I saw that one of the methods for creating a mesh explicitly takes a "periodic" keyword argument - however, using the following </div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>>from dune.grid import cartesianDomain, yaspGrid</i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>></i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>># periodic=[0] makes the x-direction periodic; [0,1] makes both x and y periodic</i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>>domain = cartesianDomain([0, 0], [L_x, L_y], [nx, ny], periodic=[True, False])</i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>>mesh = yaspGrid(domain)</i></div>
<div style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
gives the following error message:</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>>Traceback (most recent call last):</i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>></i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>> File ~/dune-env/lib/python3.12/site-packages/spyder_kernels/py3compat.py:356 in compat_exec</i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>>  exec(code, globals, locals)</i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>></i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>>  File ~/duneFempyExamples/untitled0.py:305</i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>>    collSolver = scipy.sparse.linalg.factorized(sysMatCollNumpy)</i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>></i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>>  File ~/dune-env/lib/python3.12/site-packages/scipy/sparse/linalg/_dsolve/linsolve.py:653 in factorized</i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>>    return splu(A).solve</i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>></i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>>  File ~/dune-env/lib/python3.12/site-packages/scipy/sparse/linalg/_dsolve/linsolve.py:444 in splu</i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>>    return _superlu.gstrf(N, A.nnz, A.data, indices, indptr,</i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>></i></div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<i>>RuntimeError: Factor is exactly singular</i></div>
<div style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, "Aptos_EmbeddedFont", "Aptos_MSFontService", Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Is there a different way to implement PBCs?</div>
<div id="Signature" class="elementToProof">
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
<br>
</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Best wishes,</div>
<div class="elementToProof" style="font-family: Aptos, Aptos_EmbeddedFont, Aptos_MSFontService, Calibri, Helvetica, sans-serif; font-size: 12pt; color: rgb(0, 0, 0);">
Zac</div>
</div>
The University of Edinburgh is a charitable body, registered in Scotland, with registration number SC005336. Is e buidheann carthannais a th’ ann an Oilthigh Dhùn Èideann, clàraichte an Alba, àireamh clàraidh SC005336.
</body>
</html>