<div dir="ltr"><div>Hey Afshin,<br></div><div><br></div><div>the flags you are specifying are not meant for manual tweaking.<br></div><div>They should instead be set by the buildsystem through the MPI test.<br></div><div>When you get shown the summary from configure, does it list MPI<br></div><div>among the found packages.</div><div><br></div><div>Best,<br></div><div>Dominic<br></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 16, 2016 at 7:17 PM, Afshin Loni <span dir="ltr"><<a href="mailto:afshin.loni@gmail.com" target="_blank">afshin.loni@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi Jö,<br><br></div>Thanks for the reply, Actually I did delete the build directory, I am making a debug build folder generally and I deleted it. I have an Install.sh file which takes care of everything and also generates the opt file , here it is :<br><br>#!/bin/bash<br><br>ROOT=$(pwd)<br>if [ ! "$F77" ]; then<br>  F77=gfortran<br>fi<br>if [ ! "$CC" ]; then<br>CC=gcc<br>fi<br>if [ ! "$CXX" ]; then<br>CXX=g++<br>fi<br>if [ ! "$CXXFLAGS" ]; then<br>CXXFLAGS="-O3 -DNDEBUG"<br>fi<br>CFLAGS="$CXXFLAGS"<br>if [ ! "$MAKE_FLAGS" ]; then<br>MAKE_FLAGS="-j2"<br>fi<br><br># To avoid an ugly cmake bug we expand our compiler variables to absolute paths<br>export CC=$(which $CC)<br>export CXX=$(which $CXX)<br>export F77=$(which $F77)<br><br># Check whether we have built external dependencies<br>if [ ! -d "$(pwd)/external/ug" ]; then<br>  ./external.sh<br>fi<br><br><br># generate an opts file with debug flags<br>echo "CMAKE_FLAGS=\"<br>-DUG_ROOT=$ROOT/external/ug<br>-DCMAKE_C_COMPILER='$CC'<br>-DCMAKE_CXX_COMPILER='$CXX'<br>-DMPI_CC_COMPILER=mpicc.mpich <br>-DMPI_CXX_COMPILER=mpicxx.mpich<br>-DCMAKE_CXX_FLAGS='-Wall -DDUNE_AVOID_CAPABILITIES_IS_PARALLEL_DEPRECATION_WARNING'<br>-DCMAKE_CXX_FLAGS_DEBUG='-O0 -ggdb'<br>-DDUNE_SYMLINK_TO_SOURCE_TREE=1<br>-DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug<br>-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/afshin/dunes/installation2<br>\"" > debug.opts<br><br><br><br>./dune-common/bin/dunecontrol --opts=debug.opts --builddir=$(pwd)/debug-build all<br><br>#to install<br> mkdir /home/afshin/dunes/installation2<br> ./dune-common/bin/dunecontrol --opts=debug.opts --builddir=$(pwd)/debug-build make install<br><br><br></div>Best,<br></div>Afshin<br></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 16, 2016 at 4:59 PM, Jö Fahlke <span dir="ltr"><<a href="mailto:jorrit@jorrit.de" target="_blank">jorrit@jorrit.de</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span>Am Thu, 16. Jun 2016, 12:28:11 +0200 schrieb Afshin Loni:<br>
> I am trying to solve a heat equation in parallel but it seems impossible<br>
> for me, So here's the story.<br>
> I have the tutorials of the course that took place in March. and tutorial 3<br>
> is solving the heat equation. basically the tutorial says you can run the<br>
> code in parallel by simply running the mpirun. as you know the code checks<br>
> for the mpi with mpihelper and then it prints out e.g. running in parallel<br>
> on 1 process(es). but when I run the heat equation on two processors it<br>
> prints<br>
><br>
> running in parallel on 1 process(es)<br>
> running in parallel on 1 process(es)<br>
><br>
> which basically means the code is running sequentially twice.<br>
> I thought I need to use some flags, so I used the following flags to<br>
> compile:<br>
><br>
> -DMPI_CC_COMPILER=mpicc.mpich \<br>
> -DMPI_CXX_COMPILER=mpicxx.mpich<br>
<br>
</span>Hi!<br>
<br>
You need to delete your build directory and rebuild completely after changing<br>
such configuration flags.<br>
<br>
In case you did that already, or in case that did not help:  how exactly are<br>
you specifying those flags?  E.g. if you specify them in your .opts-file,<br>
please provide it here.<br>
<br>
Regards,<br>
Jö.<br>
<span><br>
> but I got no change.<br>
> I thought tutorial 3 is incapable of running in parallel so I tried<br>
> tutorial 6 which is about parallelization. But I got the same results.<br>
> MPICH is also installed on my ubuntu 15.10 system.<br>
><br>
> Any help would be appreciated.<br>
><br>
> Regards,<br>
> Afshin<br>
<br>
</span>> _______________________________________________<br>
> dune-pdelab mailing list<br>
> <a href="mailto:dune-pdelab@dune-project.org" target="_blank">dune-pdelab@dune-project.org</a><br>
> <a href="http://lists.dune-project.org/mailman/listinfo/dune-pdelab" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.dune-project.org/mailman/listinfo/dune-pdelab</a><br>
<span><font color="#888888"><br>
<br>
--<br>
Jorrit (Jö) Fahlke, Institute for Computational und Applied Mathematics,<br>
University of Münster, Orleans-Ring 10, D-48149 Münster<br>
Tel: <a href="tel:%2B49%20251%2083%2035146" value="+492518335146" target="_blank">+49 251 83 35146</a> Fax: <a href="tel:%2B49%20251%2083%2032729" value="+492518332729" target="_blank">+49 251 83 32729</a><br>
<br>
If God had intended Man to Smoke, He would have set him on Fire.<br>
-- fortune<br>
</font></span></blockquote></div><br></div>
</div></div><br>_______________________________________________<br>
dune-pdelab mailing list<br>
<a href="mailto:dune-pdelab@dune-project.org">dune-pdelab@dune-project.org</a><br>
<a href="http://lists.dune-project.org/mailman/listinfo/dune-pdelab" rel="noreferrer" target="_blank">http://lists.dune-project.org/mailman/listinfo/dune-pdelab</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>