Dear Dune developers,<div><br></div><div>Trying to install the dune svn-version 2.3 with openmpi 1.6.1 on an ubuntu 12.04 system, I faced with a problem that I could not solve on my own. The code compiles well however when running in parallel all the returned ranks are zero. I suppose this is due to using different mpi implementations during compilation and running. This seems to be the case after looking at the log file. Dune was always using the preinstalled mpich2 on ubuntu, whereas during the run it calls mpirun from the installed openmpi package. The related part to the problem is as the following:</div>
<div><br></div><div><div>checking for mpicc... mpicc</div><div>checking for MPI_Init... yes</div><div>checking for mpi.h... yes</div><div>configure: Trying to identify the version of MPI compiler mpicc</div><div>checking for lam... no</div>
<div>checking for mpich... no</div><div>checking for OpenMPI... no</div><div>checking for MVAPICH... no</div><div>checking for MVAPICH2... no</div><div>checking for mpich2... yes</div><div>checking whether compiling with MPICH2 works... yes</div>
<div>configure: WARNING: Disabled test whether running with MPICH2 works.</div><div>checking for MPI_Finalized in -lm... yes</div><div>checking for an ANSI C-conforming const... yes</div><div>checking for inline... inline</div>
<div>checking for size_t... yes</div><div>checking whether struct tm is in sys/time.h or time.h... time.h</div><div>configure: searching for GMP in /usr...</div><div>checking gmpxx.h usability... no</div><div>checking gmpxx.h presence... no</div>
<div>checking for gmpxx.h... no</div><div>configure: WARNING: gmpxx.h not found in /usr</div><div>configure: searching for GMP in /usr/local...</div><div>checking for gmpxx.h... (cached) no</div><div>configure: WARNING: gmpxx.h not found in /usr/local</div>
<div>checking malloc.h usability... yes</div><div>checking malloc.h presence... yes</div><div>checking for malloc.h... yes</div><div>checking for string.h... (cached) yes</div><div>checking for pow in -lm... yes</div><div>
checking for sqrt... yes</div><div>checking for strchr... yes</div><div>configure: creating ./<a href="http://config.lt">config.lt</a></div><div><a href="http://config.lt">config.lt</a>: creating libtool</div></div><div><br>
</div><div>I tried to make dune to compile using the openmpi installation using the opt-file flags, by writing the following:</div><div><br></div><div><div>CONFIGURE_FLAGS="<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">       </span>CXX='/opt/openmpi-1.6.1/bin/mpicxx' </div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                      </span>CC='/opt/openmpi-1.6.1/bin/mpicc' </div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                   </span>LD='/opt/openmpi-1.6.1/bin/mpicxx'</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                      </span>LDFLAGS=' '</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                  </span>--enable-parallel</div><div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                    </span>--prefix='/opt/cyrus'</div>
<div>                 <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>--with-metis='/opt/metis-5.0.2'</div><div>                 <span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">     </span>--with-alugrid='/opt/ALUGrid-1.50'</div>
<div><span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                      </span>--with-mpi='/opt/openmpi-1.6.1/'<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">    </span>"</div></div><div><br></div><div>However, it did not work and dune is compiling with the mpich2. The question is now, how can I tell dune to install using the openmpi installation on ubuntu??</div>
<div><br></div><div>I hope the data you may need is enough, but if you need anymore information just let me know about it.</div><div><br></div><div>Best regards and thanks for your help,</div><div>Arya</div>