<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Markus,<br><br></div>Thank you very much for your kind help. I added the include directory to the CPPFLAGS as well as other flags and it now compiles well.<br><br></div>Many thanks for your help,<br>
</div>Arya<br></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Sat, Feb 16, 2013 at 8:21 PM, Markus Blatt <span dir="ltr"><<a href="mailto:markus@dr-blatt.de" target="_blank">markus@dr-blatt.de</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">On Sat, Feb 16, 2013 at 07:35:44PM +0100, Arya Fallahi wrote:<br>
> > compilation. Similar to before, the dune-istl fails compiling. The error<br>
> > messages returned is as the following, I have also attached the config.log<br>
> > file to the email. Any idea why this happens?<br>
> ><br>
> > --- calling make for dune-istl ---<br>
> > make<br>
</div>> > cd . && /bin/sh /afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl/missing--run" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl/missing--run</a> autoheader<br>
<div class="im">> > rm -f stamp-h1<br>
> > touch <a href="http://config.h.in" target="_blank">config.h.in</a><br>
> > make  all-recursive<br>
> > make[1]: Entering directory `/afs/<br>
> > <a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl</a>'<br>
> > Making all in dune<br>
> > make[2]: Entering directory `/afs/<br>
> > <a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl/dune" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl/dune</a>'<br>
> > Making all in istl<br>
> > make[3]: Entering directory `/afs/<br>
> > <a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl/dune/istl" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl/dune/istl</a>'<br>
> > Making all in .<br>
> > make[4]: Entering directory `/afs/<br>
> > <a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl/dune/istl" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl/dune/istl</a>'<br>
> > make[4]: Nothing to be done for `all-am'.<br>
> > make[4]: Leaving directory `/afs/<br>
> > <a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl/dune/istl" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl/dune/istl</a>'<br>
> > Making all in tutorial<br>
> > make[4]: Entering directory `/afs/<br>
> > <a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl/dune/istl/tutorial" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-istl/dune/istl/tutorial</a>'<br>
> > if /tools/gcc-4.7.2/bin/g++ -std=c++0x -DHAVE_CONFIG_H -I. -I. -I../../..<br>
> > -I/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common</a> -I../../..<br>
</div>> > -I/include/boost-0 -I/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common-O3" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common-O3</a> -g0 --no-strict-aliasing  -O3 -g0 --no-strict-aliasing -MT<br>

<div><div class="h5">> > example-example.o -MD -MP -MF ".deps/example-example.Tpo" -c -o<br>
> > example-example.o `test -f 'example.cc' || echo './'`example.cc; \<br>
> >         then mv -f ".deps/example-example.Tpo" ".deps/example-example.Po";<br>
> > else rm -f ".deps/example-example.Tpo"; exit 1; fi<br>
> > In file included from example.cc:17:0:<br>
> > /afs/<br>
> > <a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/fvector.hh:20:2" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/fvector.hh:20:2</a>:<br>
> > warning: #warning The FieldVector class exports its size by the enum member<br>
> > 'size'. This behavior is deprecated. In the future, 'size' will be a<br>
> > method, which puts it in compliance with the stl conventions. To enable the<br>
> > new behavior (and get rid of this warning), build your Dune with<br>
> > --enable-fieldvector-size-is-method. If you do need the vector size as an<br>
> > enum, use 'dimension'. [-Wcpp]<br>
> > /bin/sh ../../../libtool --tag=CXX --mode=link /tools/gcc-4.7.2/bin/g++<br>
> > -std=c++0x  -O3 -g0 --no-strict-aliasing  -L/afs/<br>
> > <a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/lib" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/lib</a> -ldunecommon   -o<br>
> > example  example-example.o  -lm<br>
> > /tools/gcc-4.7.2/bin/g++ -std=c++0x -O3 -g0 --no-strict-aliasing -o<br>
> > example example-example.o  -L/afs/<br>
> > <a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/lib" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/lib</a> /afs/<br>
> > <a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/lib/.libs/libdunecommon.a-llapack" target="_blank">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/lib/.libs/libdunecommon.a-llapack</a> -lblas -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/3.4.6<br>

> > -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/3.4.6/../../../../lib64<br>
> > -L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/3.4.6/../../.. -lfrtbegin -lg2c -lm<br>
> > example-example.o: In function<br>
> > `_ZStlsISt11char_traitsIcEERSt13basic_ostreamIcT_ES5_PKc.constprop.395':<br>
> > example.cc:(.text+0xea): undefined reference to `std::basic_ostream<char,<br>
> > std::char_traits<char> >& std::__ostream_insert<char,<br>
> > std::char_traits<char> >(std::basic_ostream<char, std::char_traits<char><br>
> > >&, char const*, long)'<br>
> > example-example.o: In function<br>
<br>
<br>
</div></div>There seems to be  total mixup in your system:<br>
<br>
You compile with gcc-4.7 and when linking the linker is told to use<br>
the libs of the default gcc installation<br>
-L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/3.4.6/../../../../lib64<br>
-L/usr/lib/gcc/x86_64-redhat-linux/3.4.6/../../..<br>
<br>
do you have an idea where they come from? You should investigate in<br>
this direction.<br>
<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
Markus<br>
<br>
--<br>
Do you need more support with DUNE or HPC in general?<br>
<br>
Dr. Markus Blatt - HPC-Simulation-Software & Services <a href="http://www.dr-blatt.de" target="_blank">http://www.dr-blatt.de</a><br>
Hans-Bunte-Str. 8-10, 69123 Heidelberg, Germany<br>
Tel.: <a href="tel:%2B49%20%280%29%20160%2097590858" value="+4916097590858">+49 (0) 160 97590858</a>  Fax: +49 (0)322 1108991658<br>
<br>
_______________________________________________<br>
Dune mailing list<br>
<a href="mailto:Dune@dune-project.org">Dune@dune-project.org</a><br>
<a href="http://lists.dune-project.org/mailman/listinfo/dune" target="_blank">http://lists.dune-project.org/mailman/listinfo/dune</a><br>
</div></div></blockquote></div><br></div>