<div dir="ltr">Dear Dune,<div><br></div><div>while trying to upgrade my installed dune to a new version, I faced with some installation problems. I could not solve it on my own yet. Therefore, I thought sending an email to the group may help.</div><div><br></div><div>I have used git to install the last repository version. I simply removed my previous version, since it was the old svn repository and did git clone for dune-common dune-grid and dune-geometry.</div><div><br></div><div>my opt file is as follows:</div><div><br></div><div><div>CONFIGURE_FLAGS="       MPICC='/opt/openmpi-1.6.4/bin/mpicc'</div><div>                        CC=gcc-4.7</div><div>                        CFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing'</div><div>                        CPP=cpp-4.7</div><div>                        CPPFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing'</div><div>                        CXX=g++-4.7</div><div>                        CXXFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing'</div><div>                        F77=gfortran-4.7</div><div>                        FFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing'</div><div>                        FC=gfortran-4.7</div><div>                        FCFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing'</div><div>                        --enable-parallel</div><div>                        --prefix='/opt/cyrus'</div><div>                        --with-metis='/opt/metis-5.1.0'</div><div>                        --with-alugrid='/opt/ALUGrid-1.52' "</div></div><div><br></div><div>when I try to complie my project I get the following message:</div><div><br></div><div><div>arya@arya-ThinkPad-W520:~/workspace$ ./dune-common/bin/dunecontrol --opts=cyrus.opts all</div><div>----- using default flags $CONFIGURE_FLAGS from /home/arya/workspace/cyrus.opts -----</div><div>--- going to build dune-common dune-geometry dune-grid cyrus  ---</div><div>--- calling all for dune-common ---</div><div>--- calling vcsetup for dune-common ---</div><div>--- calling autogen for dune-common ---</div><div>Found am directory /home/arya/workspace/dune-common/am</div><div>--> dunedoxynize...</div><div>Generating doc/doxygen/Doxyfile.in from </div><div>    global style</div><div>    and dune-common config</div><div>    ... done</div><div>--> libtoolize...</div><div>libtoolize: putting auxiliary files in `.'.</div><div>libtoolize: linking file `./ltmain.sh'</div><div>libtoolize: Remember to add `LT_INIT' to <a href="http://configure.ac">configure.ac</a>.</div><div>libtoolize: Consider adding `AC_CONFIG_MACRO_DIR([m4])' to <a href="http://configure.ac">configure.ac</a> and</div><div>libtoolize: rerunning libtoolize, to keep the correct libtool macros in-tree.</div><div>libtoolize: Consider adding `-I m4' to ACLOCAL_AMFLAGS in Makefile.am.</div><div>--> writing /home/arya/workspace/dune-common/dependencies.m4</div><div>    for dune-common 2.4-git <a href="mailto:dune-devel@dune-project.org">dune-devel@dune-project.org</a></div><div>        requires </div><div>        suggests </div><div>--> aclocal...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_common.m4:1: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_common.m4:1: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>--> autoheader...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:10981: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:11204: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:10981: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>--> automake...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:10981: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:11204: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:10981: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>am/top-rules:22: warning: user target 'distclean-libtool' defined here ...</div><div>Makefile.am:14:   'am/top-rules' included from here</div><div>/opt/autotools/share/automake-1.13/am/<a href="http://libtool.am">libtool.am</a>: ... overrides Automake target 'distclean-libtool' defined here</div><div>--> autoconf...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:10981: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:11204: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:10981: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>Now run ./configure to setup dune-common</div><div>--- calling configure for dune-common ---</div><div>----- using default flags $CONFIGURE_FLAGS from /home/arya/workspace/cyrus.opts -----</div><div>./configure MPICC='/opt/openmpi-1.6.4/bin/mpicc' CC=gcc-4.7 CFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' CPP=cpp-4.7 CPPFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' CXX=g++-4.7 CXXFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' F77=gfortran-4.7 FFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' FC=gfortran-4.7 FCFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' --enable-parallel --prefix='/opt/cyrus' --with-metis='/opt/metis-5.1.0' --with-alugrid='/opt/ALUGrid-1.52' ACLOCAL_AMFLAGS="-I . -I m4"</div><div>configure: WARNING: unrecognized options: --with-metis, --with-alugrid</div><div>checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c</div><div>checking whether build environment is sane... yes</div><div>checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p</div><div>checking for gawk... no</div><div>checking for mawk... mawk</div><div>checking whether make sets $(MAKE)... yes</div><div>checking whether make supports nested variables... yes</div><div>checking how to create a pax tar archive... gnutar</div><div>checking whether make supports nested variables... (cached) yes</div><div>checking for inkscape... no</div><div>checking for doxygen... no</div><div>checking for latex... no</div><div>checking for bibtex... no</div><div>checking for dvipdf... dvipdf</div><div>checking for dvips... no</div><div>checking for wml... no</div><div>checking for dot... no</div><div>checking for perl... perl</div><div>checking for convert... convert</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/configure: line 4399: PKG_PROG_PKG_CONFIG: command not found</div><div>checking for style of include used by make... GNU</div><div>checking for gcc... gcc-4.7</div><div>checking whether the C compiler works... yes</div><div>checking for C compiler default output file name... a.out</div><div>checking for suffix of executables... </div><div>checking whether we are cross compiling... no</div><div>checking for suffix of object files... o</div><div>checking whether we are using the GNU C compiler... yes</div><div>checking whether gcc-4.7 accepts -g... yes</div><div>checking for gcc-4.7 option to accept ISO C89... none needed</div><div>checking dependency style of gcc-4.7... gcc3</div><div>checking how to run the C preprocessor... cpp-4.7</div><div>checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes</div><div>checking whether g++-4.7 accepts -g... yes</div><div>checking dependency style of g++-4.7... gcc3</div><div>checking how to run the C++ preprocessor... g++-4.7 -E</div><div>checking whether we are using the GNU Fortran 77 compiler... yes</div><div>checking whether gfortran-4.7 accepts -g... yes</div><div>checking whether we are using the GNU Fortran compiler... yes</div><div>checking whether gfortran-4.7 accepts -g... yes</div><div>checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu</div><div>checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu</div><div>checking how to print strings... printf</div><div>checking for a sed that does not truncate output... /bin/sed</div><div>checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep</div><div>checking for egrep... /bin/grep -E</div><div>checking for fgrep... /bin/grep -F</div><div>checking for ld used by gcc-4.7... /usr/bin/ld</div><div>checking if the linker (/usr/bin/ld) is GNU ld... yes</div><div>checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/nm -B</div><div>checking the name lister (/usr/bin/nm -B) interface... BSD nm</div><div>checking whether ln -s works... yes</div><div>checking the maximum length of command line arguments... 1572864</div><div>checking whether the shell understands some XSI constructs... yes</div><div>checking whether the shell understands "+="... yes</div><div>checking how to convert x86_64-unknown-linux-gnu file names to x86_64-unknown-linux-gnu format... func_convert_file_noop</div><div>checking how to convert x86_64-unknown-linux-gnu file names to toolchain format... func_convert_file_noop</div><div>checking for /usr/bin/ld option to reload object files... -r</div><div>checking for objdump... objdump</div><div>checking how to recognize dependent libraries... pass_all</div><div>checking for dlltool... no</div><div>checking how to associate runtime and link libraries... printf %s\n</div><div>checking for ar... ar</div><div>checking for archiver @FILE support... @</div><div>checking for strip... strip</div><div>checking for ranlib... ranlib</div><div>checking command to parse /usr/bin/nm -B output from gcc-4.7 object... ok</div><div>checking for sysroot... no</div><div>checking for mt... mt</div><div>checking if mt is a manifest tool... no</div><div>checking for ANSI C header files... yes</div><div>checking for sys/types.h... yes</div><div>checking for sys/stat.h... yes</div><div>checking for stdlib.h... yes</div><div>checking for string.h... yes</div><div>checking for memory.h... yes</div><div>checking for strings.h... yes</div><div>checking for inttypes.h... yes</div><div>checking for stdint.h... yes</div><div>checking for unistd.h... yes</div><div>checking for dlfcn.h... yes</div><div>checking for objdir... .libs</div><div>checking if gcc-4.7 supports -fno-rtti -fno-exceptions... no</div><div>checking for gcc-4.7 option to produce PIC... -fPIC -DPIC</div><div>checking if gcc-4.7 PIC flag -fPIC -DPIC works... yes</div><div>checking if gcc-4.7 static flag -static works... yes</div><div>checking if gcc-4.7 supports -c -o file.o... yes</div><div>checking if gcc-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes</div><div>checking whether the gcc-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes</div><div>checking dynamic linker characteristics... GNU/Linux ld.so</div><div>checking how to hardcode library paths into programs... immediate</div><div>checking whether stripping libraries is possible... yes</div><div>checking if libtool supports shared libraries... yes</div><div>checking whether to build shared libraries... no</div><div>checking whether to build static libraries... yes</div><div>checking how to run the C++ preprocessor... g++-4.7 -E</div><div>checking for ld used by g++-4.7... /usr/bin/ld -m elf_x86_64</div><div>checking if the linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) is GNU ld... yes</div><div>checking whether the g++-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes</div><div>checking for g++-4.7 option to produce PIC... -fPIC -DPIC</div><div>checking if g++-4.7 PIC flag -fPIC -DPIC works... yes</div><div>checking if g++-4.7 static flag -static works... yes</div><div>checking if g++-4.7 supports -c -o file.o... yes</div><div>checking if g++-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes</div><div>checking whether the g++-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes</div><div>checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so</div><div>checking how to hardcode library paths into programs... immediate</div><div>checking if libtool supports shared libraries... yes</div><div>checking whether to build shared libraries... no</div><div>checking whether to build static libraries... yes</div><div>checking for gfortran-4.7 option to produce PIC... -fPIC</div><div>checking if gfortran-4.7 PIC flag -fPIC works... yes</div><div>checking if gfortran-4.7 static flag -static works... yes</div><div>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... yes</div><div>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes</div><div>checking whether the gfortran-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes</div><div>checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so</div><div>checking how to hardcode library paths into programs... immediate</div><div>checking if libtool supports shared libraries... yes</div><div>checking whether to build shared libraries... no</div><div>checking whether to build static libraries... yes</div><div>checking for gfortran-4.7 option to produce PIC... -fPIC</div><div>checking if gfortran-4.7 PIC flag -fPIC works... yes</div><div>checking if gfortran-4.7 static flag -static works... yes</div><div>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... yes</div><div>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes</div><div>checking whether the gfortran-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes</div><div>checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so</div><div>checking how to hardcode library paths into programs... immediate</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/configure: line 22710: PKG_PROG_PKG_CONFIG: command not found</div><div>checking for ranlib... (cached) ranlib</div><div>checking how to get verbose linking output from gfortran-4.7... -v</div><div>checking for Fortran 77 libraries of gfortran-4.7...  -L/opt/gcc-4.7.3/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.7.3 -L/opt/gcc-4.7.3/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.7.3/../../../../lib64 -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/opt/gcc-4.7.3/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.7.3/../../.. -lgfortran -lm -lquadmath</div><div>checking for dummy main to link with Fortran 77 libraries... none</div><div>checking for Fortran 77 name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore</div><div>checking for sgemm_... no</div><div>checking for ATL_xerbla in -latlas... no</div><div>checking for sgemm_ in -lblas... no</div><div>checking for sgemm_ in -lcxml... no</div><div>checking for sgemm_ in -ldxml... no</div><div>checking for sgemm_ in -lscs... no</div><div>checking for sgemm_ in -lcomplib.sgimath... no</div><div>checking for sgemm_ in -lblas... (cached) no</div><div>checking for sgemm_ in -lblas... (cached) no</div><div>checking how to get verbose linking output from gfortran-4.7... -v</div><div>checking for Fortran libraries of gfortran-4.7...  -L/opt/gcc-4.7.3/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.7.3 -L/opt/gcc-4.7.3/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.7.3/../../../../lib64 -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/opt/gcc-4.7.3/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.7.3/../../.. -lgfortran -lm -lquadmath</div><div>checking for dummy main to link with Fortran libraries... none</div><div>checking for Fortran name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore</div><div>checking whether compiler is officially supported by DUNE... yes</div><div>checking whether g++-4.7 accepts -std=c++11... yes</div><div>checking whether nullptr is supported... yes</div><div>checking for C++11 constexpr... yes</div><div>checking for C++11 noexcept specifier... yes</div><div>checking for C++11 range-based for... yes</div><div>checking for boostlib >= 1.20.0... configure: We could not detect the boost libraries (version 1.20 or higher). If you have a staged boost library (still not installed) please specify $BOOST_ROOT in your environment and do not give a PATH to --with-boost option.  If you are sure you have boost installed, then check your version number looking in <boost/version.hpp>. See <a href="http://randspringer.de/boost">http://randspringer.de/boost</a> for more documentation.</div><div>checking whether compiling C++ code works... yes</div><div>checking whether linking C++ objects works... yes</div><div>checking for __attribute__((deprecated))... yes</div><div>checking for __attribute__((deprecated("message")))... yes</div><div>checking for C++11 keyword 'final'... yes</div><div>checking for __attribute__((unused))... yes</div><div>checking for abi::__cxa_demangle... yes</div><div>checking rpc/rpc.h usability... yes</div><div>checking rpc/rpc.h presence... yes</div><div>checking for rpc/rpc.h... yes</div><div>checking for mpicc... /opt/openmpi-1.6.4/bin/mpicc</div><div>checking for MPI_Init... yes</div><div>checking for mpi.h... yes</div><div>configure: Trying to identify the version of MPI compiler /opt/openmpi-1.6.4/bin/mpicc</div><div>checking for lam... no</div><div>checking for mpich... no</div><div>checking for OpenMPI... yes</div><div>checking whether compiling with OpenMPI works... yes</div><div>checking whether MPI is recent enough (MPI-2.1)... yes</div><div>configure: WARNING: Disabled test whether running with OpenMPI works.</div><div>checking for MPI_Finalized in -lm... yes</div><div>checking sys/mman.h usability... yes</div><div>checking sys/mman.h presence... yes</div><div>checking for sys/mman.h... yes</div><div>checking for an ANSI C-conforming const... yes</div><div>checking for inline... inline</div><div>checking for size_t... yes</div><div>checking whether struct tm is in sys/time.h or time.h... time.h</div><div>checking for GMP... configure: searching for GMP in /usr...</div><div>checking gmpxx.h usability... no</div><div>checking gmpxx.h presence... no</div><div>checking for gmpxx.h... no</div><div>configure: WARNING: gmpxx.h not found in /usr</div><div>configure: searching for GMP in /usr/local...</div><div>checking for gmpxx.h... (cached) no</div><div>configure: WARNING: gmpxx.h not found in /usr/local</div><div>no</div><div>checking malloc.h usability... yes</div><div>checking malloc.h presence... yes</div><div>checking for malloc.h... yes</div><div>checking for string.h... (cached) yes</div><div>checking for pow in -lm... yes</div><div>checking for sqrt... yes</div><div>checking for strchr... yes</div><div>checking that generated files are newer than configure... done</div><div>configure: creating ./config.status</div><div>config.status: creating Makefile</div><div>config.status: creating lib/Makefile</div><div>config.status: creating bin/Makefile</div><div>config.status: creating cmake/Makefile</div><div>config.status: creating cmake/modules/Makefile</div><div>config.status: creating cmake/scripts/Makefile</div><div>config.status: creating cmake/pkg/Makefile</div><div>config.status: creating dune/Makefile</div><div>config.status: creating dune/common/Makefile</div><div>config.status: creating dune/common/test/Makefile</div><div>config.status: creating dune/common/parallel/Makefile</div><div>config.status: creating dune/common/parallel/test/Makefile</div><div>config.status: creating dune/common/std/Makefile</div><div>config.status: creating doc/Makefile</div><div>config.status: creating doc/comm/Makefile</div><div>config.status: creating doc/comm/figures/Makefile</div><div>config.status: creating doc/doxygen/Makefile</div><div>config.status: creating doc/doxygen/Doxyfile</div><div>config.status: creating doc/buildsystem/Makefile</div><div>config.status: creating m4/Makefile</div><div>config.status: creating am/Makefile</div><div>config.status: creating share/Makefile</div><div>config.status: creating share/bash-completion/Makefile</div><div>config.status: creating share/bash-completion/completions/Makefile</div><div>config.status: creating dune-common.pc</div><div>config.status: creating bin/check-log-store</div><div>config.status: creating config.h</div><div>config.status: config.h is unchanged</div><div>config.status: executing depfiles commands</div><div>config.status: executing libtool commands</div><div>configure: WARNING: unrecognized options: --with-metis, --with-alugrid</div><div><br></div><div>Found the following Dune-components: </div><div><br></div><div>----------------------------------------</div><div><br></div><div>GMP.....................: no</div><div>MPI.....................: yes (OpenMPI)</div><div><br></div><div>----------------------------------------</div><div><br></div><div>See ./configure --help and config.log for reasons why a component wasn't found</div><div><br></div><div>--- calling make for dune-common ---</div><div>make </div><div>(CDPATH="${ZSH_VERSION+.}:" && cd . && /bin/bash /home/arya/workspace/dune-common/missing autoheader)</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:10981: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:11204: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:10981: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>rm -f stamp-h1</div><div>touch <a href="http://config.h.in">config.h.in</a></div><div>cd . && /bin/bash ./config.status config.h</div><div>config.status: creating config.h</div><div>config.status: config.h is unchanged</div><div>make  all-recursive</div><div>make[1]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common'</div><div>Making all in cmake</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/cmake'</div><div>Making all in modules</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/cmake/modules'</div><div>make[3]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/cmake/modules'</div><div>Making all in pkg</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/cmake/pkg'</div><div>make[3]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/cmake/pkg'</div><div>Making all in scripts</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/cmake/scripts'</div><div>make[3]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/cmake/scripts'</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/cmake'</div><div>make[3]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/cmake'</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/cmake'</div><div>Making all in dune</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune'</div><div>Making all in common</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common'</div><div>Making all in .</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common'</div><div>Making all in test</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common/test'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common/test'</div><div>Making all in parallel</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common/parallel'</div><div>Making all in test</div><div>make[5]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common/parallel/test'</div><div>make[5]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[5]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common/parallel/test'</div><div>make[5]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common/parallel'</div><div>make[5]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[5]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common/parallel'</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common/parallel'</div><div>Making all in std</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common/std'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common/std'</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune/common'</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune'</div><div>make[3]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune'</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/dune'</div><div>Making all in lib</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/lib'</div><div>make[2]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/lib'</div><div>Making all in share</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/share'</div><div>Making all in bash-completion</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/share/bash-completion'</div><div>Making all in completions</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/share/bash-completion/completions'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/share/bash-completion/completions'</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/share/bash-completion'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/share/bash-completion'</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/share/bash-completion'</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/share'</div><div>make[3]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/share'</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/share'</div><div>Making all in doc</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc'</div><div>Making all in doxygen</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc/doxygen'</div><div>make[3]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc/doxygen'</div><div>Making all in buildsystem</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc/buildsystem'</div><div>make[3]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc/buildsystem'</div><div>Making all in comm</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc/comm'</div><div>Making all in figures</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc/comm/figures'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc/comm/figures'</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc/comm'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc/comm'</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc/comm'</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc'</div><div>make[3]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc'</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/doc'</div><div>Making all in bin</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/bin'</div><div>make[2]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/bin'</div><div>Making all in m4</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/m4'</div><div>make[2]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/m4'</div><div>Making all in am</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/am'</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/am'</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/am'</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/am'</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common/am'</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/am'</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/am'</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common/am'</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-common'</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common'</div><div>make[1]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-common'</div><div>--- dune-common done ---</div><div>--- calling all for dune-geometry ---</div><div>--- calling vcsetup for dune-geometry ---</div><div>--- calling autogen for dune-geometry ---</div><div>Found am directory /home/arya/workspace/dune-common/am</div><div>--> dunedoxynize...</div><div>Generating doc/doxygen/Doxyfile.in from </div><div>    global style</div><div>    and dune-geometry config</div><div>    ... done</div><div>--> libtoolize...</div><div>libtoolize: putting auxiliary files in `.'.</div><div>libtoolize: linking file `./ltmain.sh'</div><div>libtoolize: Remember to add `LT_INIT' to <a href="http://configure.ac">configure.ac</a>.</div><div>libtoolize: Consider adding `AC_CONFIG_MACRO_DIR([m4])' to <a href="http://configure.ac">configure.ac</a> and</div><div>libtoolize: rerunning libtoolize, to keep the correct libtool macros in-tree.</div><div>libtoolize: Consider adding `-I m4' to ACLOCAL_AMFLAGS in Makefile.am.</div><div>--> writing /home/arya/workspace/dune-geometry/dependencies.m4</div><div>    for dune-geometry 2.4-git <a href="mailto:dune-devel@dune-project.org">dune-devel@dune-project.org</a></div><div>        requires  dune-common >= 2.4 </div><div>        suggests </div><div>--> aclocal...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_common.m4:1: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune.m4:275: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_common.m4:75: DUNE_COMMON_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_common.m4:1: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune.m4:275: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_common.m4:75: DUNE_COMMON_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>--> linking dune-common/am...</div><div>--> autoheader...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:11004: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:11199: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:11004: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:10742: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:11273: DUNE_COMMON_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:11004: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>--> automake...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:11004: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:11199: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:11004: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:10742: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:11273: DUNE_COMMON_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:11004: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>am/top-rules:22: warning: user target 'distclean-libtool' defined here ...</div><div>Makefile.am:15:   'am/top-rules' included from here</div><div>/opt/autotools/share/automake-1.13/am/<a href="http://libtool.am">libtool.am</a>: ... overrides Automake target 'distclean-libtool' defined here</div><div>--> autoconf...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:11004: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:11199: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:11004: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:10742: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:11273: DUNE_COMMON_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:11004: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>Now run ./configure to setup dune-geometry</div><div>--- calling configure for dune-geometry ---</div><div>----- using default flags $CONFIGURE_FLAGS from /home/arya/workspace/cyrus.opts -----</div><div>./configure MPICC='/opt/openmpi-1.6.4/bin/mpicc' CC=gcc-4.7 CFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' CPP=cpp-4.7 CPPFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' CXX=g++-4.7 CXXFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' F77=gfortran-4.7 FFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' FC=gfortran-4.7 FCFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' --enable-parallel --prefix='/opt/cyrus' --with-metis='/opt/metis-5.1.0' --with-alugrid='/opt/ALUGrid-1.52' "--with-dune-common=/home/arya/workspace/dune-common/" ACLOCAL_AMFLAGS="-I . -I m4 -I /home/arya/workspace/dune-common/m4"</div><div>configure: WARNING: unrecognized options: --with-metis, --with-alugrid</div><div>checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c</div><div>checking whether build environment is sane... yes</div><div>checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p</div><div>checking for gawk... no</div><div>checking for mawk... mawk</div><div>checking whether make sets $(MAKE)... yes</div><div>checking whether make supports nested variables... yes</div><div>checking how to create a pax tar archive... gnutar</div><div>checking whether make supports nested variables... (cached) yes</div><div>checking for inkscape... no</div><div>checking for doxygen... no</div><div>checking for latex... no</div><div>checking for bibtex... no</div><div>checking for dvipdf... dvipdf</div><div>checking for dvips... no</div><div>checking for wml... no</div><div>checking for dot... no</div><div>checking for perl... perl</div><div>checking for convert... convert</div><div>/home/arya/workspace/dune-geometry/configure: line 4361: PKG_PROG_PKG_CONFIG: command not found</div><div>checking for style of include used by make... GNU</div><div>checking for gcc... gcc-4.7</div><div>checking whether the C compiler works... yes</div><div>checking for C compiler default output file name... a.out</div><div>checking for suffix of executables... </div><div>checking whether we are cross compiling... no</div><div>checking for suffix of object files... o</div><div>checking whether we are using the GNU C compiler... yes</div><div>checking whether gcc-4.7 accepts -g... yes</div><div>checking for gcc-4.7 option to accept ISO C89... none needed</div><div>checking dependency style of gcc-4.7... gcc3</div><div>checking how to run the C preprocessor... cpp-4.7</div><div>checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes</div><div>checking whether g++-4.7 accepts -g... yes</div><div>checking dependency style of g++-4.7... gcc3</div><div>checking how to run the C++ preprocessor... g++-4.7 -E</div><div>checking whether we are using the GNU Fortran 77 compiler... yes</div><div>checking whether gfortran-4.7 accepts -g... yes</div><div>checking whether we are using the GNU Fortran compiler... yes</div><div>checking whether gfortran-4.7 accepts -g... yes</div><div>checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu</div><div>checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu</div><div>checking how to print strings... printf</div><div>checking for a sed that does not truncate output... /bin/sed</div><div>checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep</div><div>checking for egrep... /bin/grep -E</div><div>checking for fgrep... /bin/grep -F</div><div>checking for ld used by gcc-4.7... /usr/bin/ld</div><div>checking if the linker (/usr/bin/ld) is GNU ld... yes</div><div>checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/nm -B</div><div>checking the name lister (/usr/bin/nm -B) interface... BSD nm</div><div>checking whether ln -s works... yes</div><div>checking the maximum length of command line arguments... 1572864</div><div>checking whether the shell understands some XSI constructs... yes</div><div>checking whether the shell understands "+="... yes</div><div>checking how to convert x86_64-unknown-linux-gnu file names to x86_64-unknown-linux-gnu format... func_convert_file_noop</div><div>checking how to convert x86_64-unknown-linux-gnu file names to toolchain format... func_convert_file_noop</div><div>checking for /usr/bin/ld option to reload object files... -r</div><div>checking for objdump... objdump</div><div>checking how to recognize dependent libraries... pass_all</div><div>checking for dlltool... no</div><div>checking how to associate runtime and link libraries... printf %s\n</div><div>checking for ar... ar</div><div>checking for archiver @FILE support... @</div><div>checking for strip... strip</div><div>checking for ranlib... ranlib</div><div>checking command to parse /usr/bin/nm -B output from gcc-4.7 object... ok</div><div>checking for sysroot... no</div><div>checking for mt... mt</div><div>checking if mt is a manifest tool... no</div><div>checking for ANSI C header files... yes</div><div>checking for sys/types.h... yes</div><div>checking for sys/stat.h... yes</div><div>checking for stdlib.h... yes</div><div>checking for string.h... yes</div><div>checking for memory.h... yes</div><div>checking for strings.h... yes</div><div>checking for inttypes.h... yes</div><div>checking for stdint.h... yes</div><div>checking for unistd.h... yes</div><div>checking for dlfcn.h... yes</div><div>checking for objdir... .libs</div><div>checking if gcc-4.7 supports -fno-rtti -fno-exceptions... no</div><div>checking for gcc-4.7 option to produce PIC... -fPIC -DPIC</div><div>checking if gcc-4.7 PIC flag -fPIC -DPIC works... yes</div><div>checking if gcc-4.7 static flag -static works... yes</div><div>checking if gcc-4.7 supports -c -o file.o... yes</div><div>checking if gcc-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes</div><div>checking whether the gcc-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes</div><div>checking dynamic linker characteristics... GNU/Linux ld.so</div><div>checking how to hardcode library paths into programs... immediate</div><div>checking whether stripping libraries is possible... yes</div><div>checking if libtool supports shared libraries... yes</div><div>checking whether to build shared libraries... no</div><div>checking whether to build static libraries... yes</div><div>checking how to run the C++ preprocessor... g++-4.7 -E</div><div>checking for ld used by g++-4.7... /usr/bin/ld -m elf_x86_64</div><div>checking if the linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) is GNU ld... yes</div><div>checking whether the g++-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes</div><div>checking for g++-4.7 option to produce PIC... -fPIC -DPIC</div><div>checking if g++-4.7 PIC flag -fPIC -DPIC works... yes</div><div>checking if g++-4.7 static flag -static works... yes</div><div>checking if g++-4.7 supports -c -o file.o... yes</div><div>checking if g++-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes</div><div>checking whether the g++-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes</div><div>checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so</div><div>checking how to hardcode library paths into programs... immediate</div><div>checking if libtool supports shared libraries... yes</div><div>checking whether to build shared libraries... no</div><div>checking whether to build static libraries... yes</div><div>checking for gfortran-4.7 option to produce PIC... -fPIC</div><div>checking if gfortran-4.7 PIC flag -fPIC works... yes</div><div>checking if gfortran-4.7 static flag -static works... yes</div><div>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... yes</div><div>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes</div><div>checking whether the gfortran-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes</div><div>checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so</div><div>checking how to hardcode library paths into programs... immediate</div><div>checking if libtool supports shared libraries... yes</div><div>checking whether to build shared libraries... no</div><div>checking whether to build static libraries... yes</div><div>checking for gfortran-4.7 option to produce PIC... -fPIC</div><div>checking if gfortran-4.7 PIC flag -fPIC works... yes</div><div>checking if gfortran-4.7 static flag -static works... yes</div><div>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... yes</div><div>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes</div><div>checking whether the gfortran-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes</div><div>checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so</div><div>checking how to hardcode library paths into programs... immediate</div><div>/home/arya/workspace/dune-geometry/configure: line 22672: PKG_PROG_PKG_CONFIG: command not found</div><div>checking for ranlib... (cached) ranlib</div><div>checking how to get verbose linking output from gfortran-4.7... -v</div><div>checking for Fortran 77 libraries of gfortran-4.7...  -L/opt/gcc-4.7.3/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.7.3 -L/opt/gcc-4.7.3/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.7.3/../../../../lib64 -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/opt/gcc-4.7.3/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.7.3/../../.. -lgfortran -lm -lquadmath</div><div>checking for dummy main to link with Fortran 77 libraries... none</div><div>checking for Fortran 77 name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore</div><div>checking for sgemm_... no</div><div>checking for ATL_xerbla in -latlas... no</div><div>checking for sgemm_ in -lblas... no</div><div>checking for sgemm_ in -lcxml... no</div><div>checking for sgemm_ in -ldxml... no</div><div>checking for sgemm_ in -lscs... no</div><div>checking for sgemm_ in -lcomplib.sgimath... no</div><div>checking for sgemm_ in -lblas... (cached) no</div><div>checking for sgemm_ in -lblas... (cached) no</div><div>checking how to get verbose linking output from gfortran-4.7... -v</div><div>checking for Fortran libraries of gfortran-4.7...  -L/opt/gcc-4.7.3/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.7.3 -L/opt/gcc-4.7.3/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.7.3/../../../../lib64 -L/lib/x86_64-linux-gnu -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu -L/opt/gcc-4.7.3/lib/gcc/x86_64-unknown-linux-gnu/4.7.3/../../.. -lgfortran -lm -lquadmath</div><div>checking for dummy main to link with Fortran libraries... none</div><div>checking for Fortran name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore</div><div>checking whether compiler is officially supported by DUNE... yes</div><div>checking whether g++-4.7 accepts -std=c++11... yes</div><div>checking whether nullptr is supported... yes</div><div>checking for C++11 constexpr... yes</div><div>checking for C++11 noexcept specifier... yes</div><div>checking for C++11 range-based for... yes</div><div>checking for boostlib >= 1.20.0... configure: We could not detect the boost libraries (version 1.20 or higher). If you have a staged boost library (still not installed) please specify $BOOST_ROOT in your environment and do not give a PATH to --with-boost option.  If you are sure you have boost installed, then check your version number looking in <boost/version.hpp>. See <a href="http://randspringer.de/boost">http://randspringer.de/boost</a> for more documentation.</div><div>checking whether compiling C++ code works... yes</div><div>checking whether linking C++ objects works... yes</div><div>checking for __attribute__((deprecated))... yes</div><div>checking for __attribute__((deprecated("message")))... yes</div><div>checking for C++11 keyword 'final'... yes</div><div>checking for __attribute__((unused))... yes</div><div>checking for abi::__cxa_demangle... yes</div><div>checking rpc/rpc.h usability... yes</div><div>checking rpc/rpc.h presence... yes</div><div>checking for rpc/rpc.h... yes</div><div>checking for mpicc... /opt/openmpi-1.6.4/bin/mpicc</div><div>checking for MPI_Init... yes</div><div>checking for mpi.h... yes</div><div>configure: Trying to identify the version of MPI compiler /opt/openmpi-1.6.4/bin/mpicc</div><div>checking for lam... no</div><div>checking for mpich... no</div><div>checking for OpenMPI... yes</div><div>checking whether compiling with OpenMPI works... yes</div><div>checking whether MPI is recent enough (MPI-2.1)... yes</div><div>configure: WARNING: Disabled test whether running with OpenMPI works.</div><div>checking for MPI_Finalized in -lm... yes</div><div>checking sys/mman.h usability... yes</div><div>checking sys/mman.h presence... yes</div><div>checking for sys/mman.h... yes</div><div>checking for an ANSI C-conforming const... yes</div><div>checking for inline... inline</div><div>checking for size_t... yes</div><div>checking whether struct tm is in sys/time.h or time.h... time.h</div><div>checking for GMP... configure: searching for GMP in /usr...</div><div>checking gmpxx.h usability... no</div><div>checking gmpxx.h presence... no</div><div>checking for gmpxx.h... no</div><div>configure: WARNING: gmpxx.h not found in /usr</div><div>configure: searching for GMP in /usr/local...</div><div>checking for gmpxx.h... (cached) no</div><div>configure: WARNING: gmpxx.h not found in /usr/local</div><div>no</div><div>checking malloc.h usability... yes</div><div>checking malloc.h presence... yes</div><div>checking for malloc.h... yes</div><div>checking for string.h... (cached) yes</div><div>checking for pow in -lm... yes</div><div>checking for sqrt... yes</div><div>checking for strchr... yes</div><div>/home/arya/workspace/dune-geometry/configure: line 28371: PKG_PROG_PKG_CONFIG: command not found</div><div>configure: creating ./<a href="http://config.lt">config.lt</a></div><div><a href="http://config.lt">config.lt</a>: creating libtool</div><div>checking for dune-common installation or source tree... testing /home/arya/workspace/dune-common/CMakeCache.txt</div><div>found in /home/arya/workspace/dune-common</div><div>checking dune/common/stdstreams.hh usability... yes</div><div>checking dune/common/stdstreams.hh presence... yes</div><div>checking for dune/common/stdstreams.hh... yes</div><div>checking for libdunecommon... yes</div><div>checking that generated files are newer than configure... done</div><div>configure: creating ./config.status</div><div>config.status: creating Makefile</div><div>config.status: creating lib/Makefile</div><div>config.status: creating doc/Makefile</div><div>config.status: creating doc/appl/Makefile</div><div>config.status: creating doc/appl/refelements/Makefile</div><div>config.status: creating doc/doxygen/Makefile</div><div>config.status: creating doc/doxygen/Doxyfile</div><div>config.status: creating doc/refinement/Makefile</div><div>config.status: creating dune/Makefile</div><div>config.status: creating dune/geometry/Makefile</div><div>config.status: creating dune/geometry/test/Makefile</div><div>config.status: creating dune/geometry/genericgeometry/Makefile</div><div>config.status: creating dune/geometry/genericgeometry/test/Makefile</div><div>config.status: creating dune/geometry/quadraturerules/Makefile</div><div>config.status: creating dune/geometry/refinement/Makefile</div><div>config.status: creating m4/Makefile</div><div>config.status: creating dune-geometry.pc</div><div>config.status: creating config.h</div><div>config.status: config.h is unchanged</div><div>config.status: executing depfiles commands</div><div>config.status: executing libtool commands</div><div>configure: WARNING: unrecognized options: --with-metis, --with-alugrid</div><div><br></div><div>Found the following Dune-components: </div><div><br></div><div>----------------------------------------</div><div><br></div><div>dune-common.............: version 2.4-git</div><div>GMP.....................: no</div><div>MPI.....................: yes (OpenMPI)</div><div><br></div><div>----------------------------------------</div><div><br></div><div>See ./configure --help and config.log for reasons why a component wasn't found</div><div><br></div><div>--- calling make for dune-geometry ---</div><div>make </div><div>(CDPATH="${ZSH_VERSION+.}:" && cd . && /bin/bash /home/arya/workspace/dune-geometry/missing autoheader)</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:11004: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:11199: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:11004: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:10742: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:11273: DUNE_COMMON_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:11004: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>rm -f stamp-h1</div><div>touch <a href="http://config.h.in">config.h.in</a></div><div>cd . && /bin/bash ./config.status config.h</div><div>config.status: creating config.h</div><div>config.status: config.h is unchanged</div><div>make  all-recursive</div><div>make[1]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry'</div><div>Making all in m4</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/m4'</div><div>make[2]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/m4'</div><div>Making all in dune</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune'</div><div>Making all in geometry</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry'</div><div>Making all in quadraturerules</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry/quadraturerules'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry/quadraturerules'</div><div>Making all in genericgeometry</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry/genericgeometry'</div><div>Making all in test</div><div>make[5]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry/genericgeometry/test'</div><div>make[5]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[5]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry/genericgeometry/test'</div><div>make[5]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry/genericgeometry'</div><div>make[5]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[5]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry/genericgeometry'</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry/genericgeometry'</div><div>Making all in refinement</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry/refinement'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry/refinement'</div><div>Making all in test</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry/test'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry/test'</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry'</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune/geometry'</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune'</div><div>make[3]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune'</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/dune'</div><div>Making all in doc</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/doc'</div><div>Making all in appl</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/doc/appl'</div><div>Making all in refelements</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/doc/appl/refelements'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/doc/appl/refelements'</div><div>make[4]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/doc/appl'</div><div>make[4]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[4]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/doc/appl'</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/doc/appl'</div><div>Making all in doxygen</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/doc/doxygen'</div><div>make[3]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/doc/doxygen'</div><div>make[3]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/doc'</div><div>make[3]: Nothing to be done for `all-am'.</div><div>make[3]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/doc'</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/doc'</div><div>Making all in lib</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/lib'</div><div>make[2]: Nothing to be done for `all'.</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry/lib'</div><div>make[2]: Entering directory `/home/arya/workspace/dune-geometry'</div><div>make[2]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry'</div><div>make[1]: Leaving directory `/home/arya/workspace/dune-geometry'</div><div>--- dune-geometry done ---</div><div>--- calling all for dune-grid ---</div><div>--- calling vcsetup for dune-grid ---</div><div>--- calling autogen for dune-grid ---</div><div>Found am directory /home/arya/workspace/dune-common/am</div><div>--> dunedoxynize...</div><div>Generating doc/doxygen/Doxyfile.in from </div><div>    global style</div><div>    and dune-grid config</div><div>    ... done</div><div>--> libtoolize...</div><div>libtoolize: putting auxiliary files in `.'.</div><div>libtoolize: linking file `./ltmain.sh'</div><div>libtoolize: Remember to add `LT_INIT' to <a href="http://configure.ac">configure.ac</a>.</div><div>libtoolize: Consider adding `AC_CONFIG_MACRO_DIR([m4])' to <a href="http://configure.ac">configure.ac</a> and</div><div>libtoolize: rerunning libtoolize, to keep the correct libtool macros in-tree.</div><div>libtoolize: Consider adding `-I m4' to ACLOCAL_AMFLAGS in Makefile.am.</div><div>--> writing /home/arya/workspace/dune-grid/dependencies.m4</div><div>    for dune-grid 2.4-git <a href="mailto:dune-devel@dune-project.org">dune-devel@dune-project.org</a></div><div>        requires  dune-common >= 2.4  dune-geometry >= 2.4 </div><div>        suggests </div><div>--> aclocal...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_common.m4:1: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune.m4:275: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_common.m4:75: DUNE_COMMON_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune.m4:275: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-geometry/m4/dune-geometry.m4:15: DUNE_GEOMETRY_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_common.m4:1: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune.m4:275: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_common.m4:75: DUNE_COMMON_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune.m4:275: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-geometry/m4/dune-geometry.m4:15: DUNE_GEOMETRY_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>/home/arya/workspace/dune-common/m4/dune_all.m4:9: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>--> linking dune-common/am...</div><div>--> autoheader...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:12671: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:12894: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:12671: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:12409: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:12968: DUNE_COMMON_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:12671: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:12409: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:10921: DUNE_GEOMETRY_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:12671: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>--> automake...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:12671: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:12894: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:12671: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:12409: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:12968: DUNE_COMMON_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:12671: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:12409: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:10921: DUNE_GEOMETRY_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:12671: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>am/top-rules:22: warning: user target 'distclean-libtool' defined here ...</div><div>Makefile.am:31:   'am/top-rules' included from here</div><div>/opt/autotools/share/automake-1.13/am/<a href="http://libtool.am">libtool.am</a>: ... overrides Automake target 'distclean-libtool' defined here</div><div>dune/grid/test/Makefile.am:235: warning: testiteratorranges_SOURCES multiply defined in condition TRUE ...</div><div>dune/grid/test/Makefile.am:216: ... 'testiteratorranges_SOURCES' previously defined here</div><div>--> autoconf...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:12671: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:12894: DUNE_COMMON_CHECKS is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:12671: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:12409: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:12968: DUNE_COMMON_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:12671: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: warning: PKG_PROG_PKG_CONFIG is m4_require'd but not m4_defun'd</div><div>aclocal.m4:12409: DUNE_CHECK_MODULES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:10921: DUNE_GEOMETRY_CHECK_MODULE is expanded from...</div><div>dependencies.m4:16: DUNE_CHECK_MOD_DEPENDENCIES is expanded from...</div><div>aclocal.m4:12671: DUNE_CHECK_ALL is expanded from...</div><div><a href="http://configure.ac:12">configure.ac:12</a>: the top level</div><div>configure:34476: error: possibly undefined macro: AC_DEFINE</div><div>      If this token and others are legitimate, please use m4_pattern_allow.</div><div>      See the Autoconf documentation.</div><div>configure:34482: error: possibly undefined macro: AC_MSG_RESULT</div><div>configure:34484: error: possibly undefined macro: AC_MSG_WARN</div><div>--- Failed to build dune-grid ---</div><div>Terminating dunecontrol due to previous errors!</div></div><div><br></div><div>I think the error maybe due to auto-tools installation. However, the versions are all newer than the ones written in the dune website (automake 1.13, autoconf 2.69 and libtool 2.4.2). I am trying to install the software on ubuntu 14.04LTS.</div><div><br></div><div>I appreciate if anyone having an idea of the error source helps me with it.</div><div><br></div><div>Thank you for your help,</div><div>Arya</div></div>