<div dir="ltr"><div><div><div><div><div>Dear dune,<br><br></div>I have faced with some serious troubles with upgrading my mpi installation. After the new released mpi (v1.8) is installed, I could never compile the dune package. I checked very many solutions even going to previous versions of dune. But, none of them worked. I wonder if you can help me with the problem.<br><br></div>Surprisingly, after dune-common is compiled, dune-geometry returns an error that there is no dune-common module in the domain. The following is the output in the terminal. I have also attached the log files for the dune-common and dune-geometry.<br><br></div>I will be very thankful if you help me on this matter,<br><br></div>Regards,<br></div>Arya<br><br><div><div><div><br>[cfel-kaert-lx1] ~/workspace $ sudo ./dune-common/bin/dunecontrol --opts=cyrus.opts all<br>--- going to build dune-common dune-geometry dune-grid cyrus  ---<br>--- calling all for dune-common ---<br>--- calling autogen for dune-common ---<br>Skipping dune-autogen<br>--- calling configure for dune-common ---<br>----- using default flags $CONFIGURE_FLAGS from /afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/cyrus.opts">desy.de/user/a/afallahi/workspace/cyrus.opts</a> -----<br>./configure MPICC='/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/openmpi-1.8/bin/mpicc">desy.de/user/a/afallahi/extlib/openmpi-1.8/bin/mpicc</a>' CC=gcc-4.7 CFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' CPP=cpp-4.7 CPPFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' CXX=g++-4.7 CXXFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' F77=gfortran-4.7 FFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' FC=gfortran-4.7 #FCFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' --enable-parallel --prefix='/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/cyrus">desy.de/user/a/afallahi/extlib/cyrus</a>' --with-metis='/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/metis-5.1">desy.de/user/a/afallahi/extlib/metis-5.1</a>'  ACLOCAL_AMFLAGS="-I . -I m4"user/a/afallahi/extlib/alugrid-1.52' <br>checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c<br>checking whether build environment is sane... yes<br>checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p<br>checking for gawk... gawk<br>checking whether make sets $(MAKE)... yes<br>checking how to create a pax tar archive... gnutar<br>checking whether make supports nested variables... yes<br>checking how to create a pax tar archive... (cached) gnutar<br>checking for inkscape... inkscape<br>checking for doxygen... doxygen<br>checking for latex... latex<br>checking for bibtex... bibtex<br>checking for dvipdf... dvipdf<br>checking for dvips... dvips<br>checking for wml... no<br>checking for dot... dot<br>checking for perl... perl<br>checking for convert... convert<br>checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config<br>checking pkg-config is at least version 0.9.0... yes<br>checking for style of include used by make... GNU<br>checking for gcc... gcc-4.7<br>checking whether the C compiler works... yes<br>checking for C compiler default output file name... a.out<br>checking for suffix of executables... <br>checking whether we are cross compiling... no<br>checking for suffix of object files... o<br>checking whether we are using the GNU C compiler... yes<br>checking whether gcc-4.7 accepts -g... yes<br>checking for gcc-4.7 option to accept ISO C89... none needed<br>checking dependency style of gcc-4.7... gcc3<br>checking dependency style of gcc-4.7... (cached) gcc3<br>checking how to run the C preprocessor... cpp-4.7<br>checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes<br>checking whether g++-4.7 accepts -g... yes<br>checking dependency style of g++-4.7... gcc3<br>checking dependency style of g++-4.7... (cached) gcc3<br>checking how to run the C++ preprocessor... g++-4.7 -E<br>checking whether we are using the GNU Fortran 77 compiler... yes<br>checking whether gfortran-4.7 accepts -g... yes<br>checking whether we are using the GNU Fortran compiler... yes<br>checking whether gfortran-4.7 accepts -g... yes<br>checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu<br>checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu<br>checking how to print strings... printf<br>checking for a sed that does not truncate output... /bin/sed<br>checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep<br>checking for egrep... /bin/grep -E<br>checking for fgrep... /bin/grep -F<br>checking for ld used by gcc-4.7... /usr/bin/ld<br>checking if the linker (/usr/bin/ld) is GNU ld... yes<br>checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/nm -B<br>checking the name lister (/usr/bin/nm -B) interface... BSD nm<br>checking whether ln -s works... yes<br>checking the maximum length of command line arguments... 98304<br>checking whether the shell understands some XSI constructs... yes<br>checking whether the shell understands "+="... yes<br>checking how to convert x86_64-unknown-linux-gnu file names to x86_64-unknown-linux-gnu format... func_convert_file_noop<br>checking how to convert x86_64-unknown-linux-gnu file names to toolchain format... func_convert_file_noop<br>checking for /usr/bin/ld option to reload object files... -r<br>checking for objdump... objdump<br>checking how to recognize dependent libraries... pass_all<br>checking for dlltool... no<br>checking how to associate runtime and link libraries... printf %s\n<br>checking for ar... ar<br>checking for archiver @FILE support... @<br>checking for strip... strip<br>checking for ranlib... ranlib<br>checking command to parse /usr/bin/nm -B output from gcc-4.7 object... ok<br>checking for sysroot... no<br>checking for mt... no<br>checking if : is a manifest tool... no<br>checking for ANSI C header files... yes<br>checking for sys/types.h... yes<br>checking for sys/stat.h... yes<br>checking for stdlib.h... yes<br>checking for string.h... yes<br>checking for memory.h... yes<br>checking for strings.h... yes<br>checking for inttypes.h... yes<br>checking for stdint.h... yes<br>checking for unistd.h... yes<br>checking for dlfcn.h... yes<br>checking for objdir... .libs<br>checking if gcc-4.7 supports -fno-rtti -fno-exceptions... no<br>checking for gcc-4.7 option to produce PIC... -fPIC -DPIC<br>checking if gcc-4.7 PIC flag -fPIC -DPIC works... yes<br>checking if gcc-4.7 static flag -static works... yes<br>checking if gcc-4.7 supports -c -o file.o... yes<br>checking if gcc-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes<br>checking whether the gcc-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>checking dynamic linker characteristics... GNU/Linux ld.so<br>checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>checking whether stripping libraries is possible... yes<br>checking if libtool supports shared libraries... yes<br>checking whether to build shared libraries... no<br>checking whether to build static libraries... yes<br>checking how to run the C++ preprocessor... g++-4.7 -E<br>checking for ld used by g++-4.7... /usr/bin/ld -m elf_x86_64<br>checking if the linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) is GNU ld... yes<br>checking whether the g++-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>checking for g++-4.7 option to produce PIC... -fPIC -DPIC<br>checking if g++-4.7 PIC flag -fPIC -DPIC works... yes<br>checking if g++-4.7 static flag -static works... yes<br>checking if g++-4.7 supports -c -o file.o... yes<br>checking if g++-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes<br>checking whether the g++-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so<br>checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>checking if libtool supports shared libraries... yes<br>checking whether to build shared libraries... no<br>checking whether to build static libraries... yes<br>checking for gfortran-4.7 option to produce PIC... -fPIC<br>checking if gfortran-4.7 PIC flag -fPIC works... yes<br>checking if gfortran-4.7 static flag -static works... yes<br>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... yes<br>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes<br>checking whether the gfortran-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so<br>checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>checking if libtool supports shared libraries... yes<br>checking whether to build shared libraries... no<br>checking whether to build static libraries... yes<br>checking for gfortran-4.7 option to produce PIC... -fPIC<br>checking if gfortran-4.7 PIC flag -fPIC works... yes<br>checking if gfortran-4.7 static flag -static works... yes<br>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... yes<br>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes<br>checking whether the gfortran-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so<br>checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>checking for ranlib... (cached) ranlib<br>checking how to get verbose linking output from gfortran-4.7... -v<br>checking for Fortran 77 libraries of gfortran-4.7...  -L/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2">desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2</a> -L/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../../../lib64">desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../../../lib64</a> -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../">desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../</a>.. -lgfortran -lm -lquadmath<br>checking for dummy main to link with Fortran 77 libraries... none<br>checking for Fortran 77 name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore<br>checking for sgemm_... no<br>checking for ATL_xerbla in -latlas... no<br>checking for sgemm_ in -lblas... yes<br>checking for dgemm_ in -ldgemm... no<br>checking for sgemm_ in -lcxml... no<br>checking for sgemm_ in -ldxml... no<br>checking for sgemm_ in -lscs... no<br>checking for sgemm_ in -lcomplib.sgimath... no<br>checking for sgemm_ in -lblas... (cached) yes<br>checking for sgemm_ in -lessl... no<br>checking for sgemm_ in -lblas... (cached) yes<br>checking for cheev_... no<br>checking for cheev_ in -llapack... yes<br>checking how to get verbose linking output from gfortran-4.7... -v<br>checking for Fortran libraries of gfortran-4.7...  -L/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2">desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2</a> -L/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../../../lib64">desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../../../lib64</a> -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../">desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../</a>.. -lgfortran -lm -lquadmath<br>checking for dummy main to link with Fortran libraries... none<br>checking for Fortran name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore<br>checking whether compiler is officially supported by DUNE... yes<br>checking whether g++ accepts -std=c++0x... yes<br>checking whether static_assert is supported... yes<br>checking whether nullptr is supported... yes<br>checking type_traits usability... yes<br>checking type_traits presence... yes<br>checking for type_traits... yes<br>checking tr1/type_traits usability... yes<br>checking tr1/type_traits presence... yes<br>checking for tr1/type_traits... yes<br>checking tuple usability... yes<br>checking tuple presence... yes<br>checking for tuple... yes<br>checking tr1/tuple usability... yes<br>checking tr1/tuple presence... yes<br>checking for tr1/tuple... yes<br>checking whether <array> C++0x is supported... yes<br>checking memory usability... yes<br>checking memory presence... yes<br>checking for memory... yes<br>checking tr1/memory usability... yes<br>checking tr1/memory presence... yes<br>checking for tr1/memory... yes<br>checking boost/shared_ptr.hpp usability... no<br>checking boost/shared_ptr.hpp presence... no<br>checking for boost/shared_ptr.hpp... no<br>checking the location of shared_ptr header file... <br>checking whether SHARED_PTR_NAMESPACE (std) provides make_shared... yes<br>checking whether compiling C++ code works... yes<br>checking whether linking C++ objects works... yes<br>checking for __attribute__((deprecated))... yes<br>checking for __attribute__((deprecated("message")))... yes<br>checking for __attribute__((unused))... yes<br>checking rpc/rpc.h usability... yes<br>checking rpc/rpc.h presence... yes<br>checking for rpc/rpc.h... yes<br>checking for an ANSI C-conforming const... yes<br>checking for inline... inline<br>checking for size_t... yes<br>checking whether struct tm is in sys/time.h or time.h... time.h<br>checking for stdlib.h... (cached) yes<br>checking for GNU libc compatible malloc... yes<br>checking for GMP... configure: searching for GMP in /usr...<br>checking gmpxx.h usability... yes<br>checking gmpxx.h presence... yes<br>checking for gmpxx.h... yes<br>checking for __gmpz_abs in -L/usr/lib -lgmp... yes<br>checking for __gmpz_abs in -L/usr/lib -lgmpxx... yes<br>/usr<br>checking malloc.h usability... yes<br>checking malloc.h presence... yes<br>checking for malloc.h... yes<br>checking for string.h... (cached) yes<br>checking for pow in -lm... yes<br>checking for sqrt... yes<br>checking for strchr... yes<br>configure: creating ./config.status<br>config.status: creating Makefile<br>config.status: creating lib/Makefile<br>config.status: creating bin/Makefile<br>config.status: creating dune/Makefile<br>config.status: creating dune/common/Makefile<br>config.status: creating dune/common/test/Makefile<br>config.status: creating dune/common/parallel/Makefile<br>config.status: creating dune/common/parallel/test/Makefile<br>config.status: creating doc/Makefile<br>config.status: creating doc/doxygen/Makefile<br>config.status: creating doc/doxygen/Doxyfile<br>config.status: creating doc/buildsystem/Makefile<br>config.status: creating m4/Makefile<br>config.status: creating am/Makefile<br>config.status: creating bin/check-log-store<br>config.status: creating dune-common.pc<br>config.status: creating config.h<br>config.status: config.h is unchanged<br>config.status: executing depfiles commands<br>config.status: executing libtool commands<br><br>Found the following Dune-components: <br><br>----------------------------------------<br><br>GMP.....................: yes<br>MPI.....................: no<br><br>----------------------------------------<br><br>See ./configure --help and config.log for reasons why a component wasn't found<br><br>--- calling make for dune-common ---<br>make <br>make  all-recursive<br>make[1]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common</a>'<br>Making all in dune<br>make[2]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune</a>'<br>Making all in common<br>make[3]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common</a>'<br>Making all in .<br>make[4]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common</a>'<br>make[4]: Nothing to be done for `all-am'.<br>make[4]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common</a>'<br>Making all in test<br>make[4]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/test">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/test</a>'<br>make[4]: Nothing to be done for `all'.<br>make[4]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/test">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/test</a>'<br>Making all in parallel<br>make[4]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/parallel">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/parallel</a>'<br>Making all in test<br>make[5]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/parallel/test">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/parallel/test</a>'<br>make[5]: Nothing to be done for `all'.<br>make[5]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/parallel/test">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/parallel/test</a>'<br>make[5]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/parallel">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/parallel</a>'<br>make[5]: Nothing to be done for `all-am'.<br>make[5]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/parallel">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/parallel</a>'<br>make[4]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/parallel">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common/parallel</a>'<br>make[3]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune/common</a>'<br>make[3]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune</a>'<br>make[3]: Nothing to be done for `all-am'.<br>make[3]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune</a>'<br>make[2]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/dune</a>'<br>Making all in lib<br>make[2]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/lib">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/lib</a>'<br>make[2]: Nothing to be done for `all'.<br>make[2]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/lib">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/lib</a>'<br>Making all in doc<br>make[2]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc</a>'<br>Making all in doxygen<br>make[3]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc/doxygen">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc/doxygen</a>'<br>make[3]: Nothing to be done for `all'.<br>make[3]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc/doxygen">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc/doxygen</a>'<br>Making all in buildsystem<br>make[3]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc/buildsystem">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc/buildsystem</a>'<br>make[3]: Nothing to be done for `all'.<br>make[3]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc/buildsystem">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc/buildsystem</a>'<br>make[3]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc</a>'<br>make[3]: Nothing to be done for `all-am'.<br>make[3]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc</a>'<br>make[2]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/doc</a>'<br>Making all in bin<br>make[2]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/bin">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/bin</a>'<br>make[2]: Nothing to be done for `all'.<br>make[2]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/bin">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/bin</a>'<br>Making all in m4<br>make[2]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/m4">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/m4</a>'<br>make[2]: Nothing to be done for `all'.<br>make[2]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/m4">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/m4</a>'<br>Making all in am<br>make[2]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am</a>'<br>make[3]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am</a>'<br>make[3]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am</a>'<br>make[3]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am</a>'<br>make[4]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am</a>'<br>make[4]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am</a>'<br>make[3]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am</a>'<br>make[2]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/am</a>'<br>make[2]: Entering directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common</a>'<br>make[2]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common</a>'<br>make[1]: Leaving directory `/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common</a>'<br>--- dune-common done ---<br>--- calling all for dune-geometry ---<br>--- calling autogen for dune-geometry ---<br>Skipping dune-autogen<br>--- calling configure for dune-geometry ---<br>----- using default flags $CONFIGURE_FLAGS from /afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/cyrus.opts">desy.de/user/a/afallahi/workspace/cyrus.opts</a> -----<br>./configure MPICC='/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/openmpi-1.8/bin/mpicc">desy.de/user/a/afallahi/extlib/openmpi-1.8/bin/mpicc</a>' CC=gcc-4.7 CFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' CPP=cpp-4.7 CPPFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' CXX=g++-4.7 CXXFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' F77=gfortran-4.7 FFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' FC=gfortran-4.7 #FCFLAGS='-O3 -g0 --no-strict-aliasing' --enable-parallel --prefix='/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/cyrus">desy.de/user/a/afallahi/extlib/cyrus</a>' --with-metis='/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/metis-5.1">desy.de/user/a/afallahi/extlib/metis-5.1</a>'  "--with-dune-common=/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/</a>" ACLOCAL_AMFLAGS="-I . -I m4 -I /afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/m4">desy.de/user/a/afallahi/workspace/dune-common/m4</a>"<br>checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c<br>checking whether build environment is sane... yes<br>checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p<br>checking for gawk... gawk<br>checking whether make sets $(MAKE)... yes<br>checking how to create a pax tar archive... gnutar<br>checking whether make supports nested variables... yes<br>checking how to create a pax tar archive... (cached) gnutar<br>checking for inkscape... inkscape<br>checking for doxygen... doxygen<br>checking for latex... latex<br>checking for bibtex... bibtex<br>checking for dvipdf... dvipdf<br>checking for dvips... dvips<br>checking for wml... no<br>checking for dot... dot<br>checking for perl... perl<br>checking for convert... convert<br>checking for pkg-config... /usr/bin/pkg-config<br>checking pkg-config is at least version 0.9.0... yes<br>checking for style of include used by make... GNU<br>checking for gcc... gcc-4.7<br>checking whether the C compiler works... yes<br>checking for C compiler default output file name... a.out<br>checking for suffix of executables... <br>checking whether we are cross compiling... no<br>checking for suffix of object files... o<br>checking whether we are using the GNU C compiler... yes<br>checking whether gcc-4.7 accepts -g... yes<br>checking for gcc-4.7 option to accept ISO C89... none needed<br>checking dependency style of gcc-4.7... gcc3<br>checking dependency style of gcc-4.7... (cached) gcc3<br>checking how to run the C preprocessor... cpp-4.7<br>checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes<br>checking whether g++-4.7 accepts -g... yes<br>checking dependency style of g++-4.7... gcc3<br>checking dependency style of g++-4.7... (cached) gcc3<br>checking how to run the C++ preprocessor... g++-4.7 -E<br>checking whether we are using the GNU Fortran 77 compiler... yes<br>checking whether gfortran-4.7 accepts -g... yes<br>checking whether we are using the GNU Fortran compiler... yes<br>checking whether gfortran-4.7 accepts -g... yes<br>checking build system type... x86_64-unknown-linux-gnu<br>checking host system type... x86_64-unknown-linux-gnu<br>checking how to print strings... printf<br>checking for a sed that does not truncate output... /bin/sed<br>checking for grep that handles long lines and -e... /bin/grep<br>checking for egrep... /bin/grep -E<br>checking for fgrep... /bin/grep -F<br>checking for ld used by gcc-4.7... /usr/bin/ld<br>checking if the linker (/usr/bin/ld) is GNU ld... yes<br>checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)... /usr/bin/nm -B<br>checking the name lister (/usr/bin/nm -B) interface... BSD nm<br>checking whether ln -s works... yes<br>checking the maximum length of command line arguments... 98304<br>checking whether the shell understands some XSI constructs... yes<br>checking whether the shell understands "+="... yes<br>checking how to convert x86_64-unknown-linux-gnu file names to x86_64-unknown-linux-gnu format... func_convert_file_noop<br>checking how to convert x86_64-unknown-linux-gnu file names to toolchain format... func_convert_file_noop<br>checking for /usr/bin/ld option to reload object files... -r<br>checking for objdump... objdump<br>checking how to recognize dependent libraries... pass_all<br>checking for dlltool... no<br>checking how to associate runtime and link libraries... printf %s\n<br>checking for ar... ar<br>checking for archiver @FILE support... @<br>checking for strip... strip<br>checking for ranlib... ranlib<br>checking command to parse /usr/bin/nm -B output from gcc-4.7 object... ok<br>checking for sysroot... no<br>checking for mt... no<br>checking if : is a manifest tool... no<br>checking for ANSI C header files... yes<br>checking for sys/types.h... yes<br>checking for sys/stat.h... yes<br>checking for stdlib.h... yes<br>checking for string.h... yes<br>checking for memory.h... yes<br>checking for strings.h... yes<br>checking for inttypes.h... yes<br>checking for stdint.h... yes<br>checking for unistd.h... yes<br>checking for dlfcn.h... yes<br>checking for objdir... .libs<br>checking if gcc-4.7 supports -fno-rtti -fno-exceptions... no<br>checking for gcc-4.7 option to produce PIC... -fPIC -DPIC<br>checking if gcc-4.7 PIC flag -fPIC -DPIC works... yes<br>checking if gcc-4.7 static flag -static works... yes<br>checking if gcc-4.7 supports -c -o file.o... yes<br>checking if gcc-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes<br>checking whether the gcc-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>checking dynamic linker characteristics... GNU/Linux ld.so<br>checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>checking whether stripping libraries is possible... yes<br>checking if libtool supports shared libraries... yes<br>checking whether to build shared libraries... no<br>checking whether to build static libraries... yes<br>checking how to run the C++ preprocessor... g++-4.7 -E<br>checking for ld used by g++-4.7... /usr/bin/ld -m elf_x86_64<br>checking if the linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) is GNU ld... yes<br>checking whether the g++-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>checking for g++-4.7 option to produce PIC... -fPIC -DPIC<br>checking if g++-4.7 PIC flag -fPIC -DPIC works... yes<br>checking if g++-4.7 static flag -static works... yes<br>checking if g++-4.7 supports -c -o file.o... yes<br>checking if g++-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes<br>checking whether the g++-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so<br>checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>checking if libtool supports shared libraries... yes<br>checking whether to build shared libraries... no<br>checking whether to build static libraries... yes<br>checking for gfortran-4.7 option to produce PIC... -fPIC<br>checking if gfortran-4.7 PIC flag -fPIC works... yes<br>checking if gfortran-4.7 static flag -static works... yes<br>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... yes<br>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes<br>checking whether the gfortran-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so<br>checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>checking if libtool supports shared libraries... yes<br>checking whether to build shared libraries... no<br>checking whether to build static libraries... yes<br>checking for gfortran-4.7 option to produce PIC... -fPIC<br>checking if gfortran-4.7 PIC flag -fPIC works... yes<br>checking if gfortran-4.7 static flag -static works... yes<br>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... yes<br>checking if gfortran-4.7 supports -c -o file.o... (cached) yes<br>checking whether the gfortran-4.7 linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries... yes<br>checking dynamic linker characteristics... (cached) GNU/Linux ld.so<br>checking how to hardcode library paths into programs... immediate<br>checking for ranlib... (cached) ranlib<br>checking how to get verbose linking output from gfortran-4.7... -v<br>checking for Fortran 77 libraries of gfortran-4.7...  -L/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2">desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2</a> -L/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../../../lib64">desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../../../lib64</a> -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../">desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../</a>.. -lgfortran -lm -lquadmath<br>checking for dummy main to link with Fortran 77 libraries... none<br>checking for Fortran 77 name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore<br>checking for sgemm_... no<br>checking for ATL_xerbla in -latlas... no<br>checking for sgemm_ in -lblas... yes<br>checking for dgemm_ in -ldgemm... no<br>checking for sgemm_ in -lcxml... no<br>checking for sgemm_ in -ldxml... no<br>checking for sgemm_ in -lscs... no<br>checking for sgemm_ in -lcomplib.sgimath... no<br>checking for sgemm_ in -lblas... (cached) yes<br>checking for sgemm_ in -lessl... no<br>checking for sgemm_ in -lblas... (cached) yes<br>checking for cheev_... no<br>checking for cheev_ in -llapack... yes<br>checking how to get verbose linking output from gfortran-4.7... -v<br>checking for Fortran libraries of gfortran-4.7...  -L/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2">desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2</a> -L/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../../../lib64">desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../../../lib64</a> -L/lib/../lib64 -L/usr/lib/../lib64 -L/afs/<a href="http://desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../">desy.de/user/a/afallahi/extlib/gcc-4.7/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/4.7.2/../../</a>.. -lgfortran -lm -lquadmath<br>checking for dummy main to link with Fortran libraries... none<br>checking for Fortran name-mangling scheme... lower case, underscore, no extra underscore<br>checking whether compiler is officially supported by DUNE... yes<br>checking whether g++ accepts -std=c++0x... yes<br>checking whether static_assert is supported... yes<br>checking whether nullptr is supported... yes<br>checking type_traits usability... yes<br>checking type_traits presence... yes<br>checking for type_traits... yes<br>checking tr1/type_traits usability... yes<br>checking tr1/type_traits presence... yes<br>checking for tr1/type_traits... yes<br>checking tuple usability... yes<br>checking tuple presence... yes<br>checking for tuple... yes<br>checking tr1/tuple usability... yes<br>checking tr1/tuple presence... yes<br>checking for tr1/tuple... yes<br>checking whether <array> C++0x is supported... yes<br>checking memory usability... yes<br>checking memory presence... yes<br>checking for memory... yes<br>checking tr1/memory usability... yes<br>checking tr1/memory presence... yes<br>checking for tr1/memory... yes<br>checking boost/shared_ptr.hpp usability... no<br>checking boost/shared_ptr.hpp presence... no<br>checking for boost/shared_ptr.hpp... no<br>checking the location of shared_ptr header file... <br>checking whether SHARED_PTR_NAMESPACE (std) provides make_shared... yes<br>checking whether compiling C++ code works... yes<br>checking whether linking C++ objects works... yes<br>checking for __attribute__((deprecated))... yes<br>checking for __attribute__((deprecated("message")))... yes<br>checking for __attribute__((unused))... yes<br>checking rpc/rpc.h usability... yes<br>checking rpc/rpc.h presence... yes<br>checking for rpc/rpc.h... yes<br>checking for an ANSI C-conforming const... yes<br>checking for inline... inline<br>checking for size_t... yes<br>checking whether struct tm is in sys/time.h or time.h... time.h<br>checking for stdlib.h... (cached) yes<br>checking for GNU libc compatible malloc... yes<br>checking for GMP... configure: searching for GMP in /usr...<br>checking gmpxx.h usability... yes<br>checking gmpxx.h presence... yes<br>checking for gmpxx.h... yes<br>checking for __gmpz_abs in -L/usr/lib -lgmp... yes<br>checking for __gmpz_abs in -L/usr/lib -lgmpxx... yes<br>/usr<br>checking malloc.h usability... yes<br>checking malloc.h presence... yes<br>checking for malloc.h... yes<br>checking for string.h... (cached) yes<br>checking for pow in -lm... yes<br>checking for sqrt... yes<br>checking for strchr... yes<br>configure: creating ./<a href="http://config.lt">config.lt</a><br><a href="http://config.lt">config.lt</a>: creating libtool<br>checking for dune-common installation or source tree... not found<br>checking dune/common/stdstreams.hh usability... no<br>checking dune/common/stdstreams.hh presence... no<br>checking for dune/common/stdstreams.hh... no<br>checking for alglib4dune (>=1.0) via pkgconfig... no<br>configure: error: could not find required module dune-common<br>--- Failed to build dune-geometry ---<br>Terminating dunecontrol due to previous errors!<br><br></div></div></div></div>