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<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">That worked. Thank you!
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">Regarding compilation:
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext"><br>
Do I have to set optimization flags for benchmark runs? Or does it automatically build optimized versions?<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">Regarding dune-mm-amg-master:
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext"><br>
How can I run the amg method in parallel? (Reason: >6mio unknowns)<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">I assume in line 66: 1e-6 is the relative decrease in residual and 80 is the maximum number of iterations.
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">Can I also prescribe an absolute value for the residual?
<br>
<br>
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">Thank you again for your help!<br>
<br>
Henrik<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<div>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">--
<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">Dipl.-Math. Henrik Büsing<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">Institute for Applied Geophysics and Geothermal Energy<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">E.ON Energy Research Center<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span lang="EN-US" style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">RWTH Aachen University<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">Mathieustr. 10 | Tel +49 (0)241 80 49907<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">52074 Aachen, Germany | Fax +49 (0)241 80 49889<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">http://www.eonerc.rwth-aachen.de/GGE<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">hbuesing@eonerc.rwth-aachen.de<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext">------------------------------------------------------<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:"Courier New","serif";color:windowtext"><o:p> </o:p></span></p>
<div style="border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt">
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext">Von:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif";color:windowtext"> dune-bounces+hbuesing=eonerc.rwth-aachen.de@dune-project.org
[mailto:dune-bounces+hbuesing=eonerc.rwth-aachen.de@dune-project.org] <b>Im Auftrag von
</b>Oliver Sander<br>
<b>Gesendet:</b> 27 August 2015 15:48<br>
<b>An:</b> dune@dune-project.org<br>
<b>Betreff:</b> Re: [Dune] Read in matrix and rhs, solve linear system<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>/home/user/Code/Dune/dune-mm-amg-master/src/matrixmarket-amg.cc: In function 'int main()':<o:p></o:p></pre>
<pre>/home/user/Code/Dune/dune-mm-amg-master/src/matrixmarket-amg.cc:35: error: using 'typename' outside of template<o:p></o:p></pre>
<p class="MsoNormal"><br>
That's a bug in matrixmarket-amg.cc. Simply remove the word 'typename' from line 35.<br>
<br>
Best,<br>
Oliver<br>
<br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>gmake[2]: *** [src/CMakeFiles/matrixmarket-amg.dir/matrixmarket-amg.cc.o] Error 1<o:p></o:p></pre>
<pre>gmake[1]: *** [src/CMakeFiles/matrixmarket-amg.dir/all] Error 2<o:p></o:p></pre>
<pre>gmake: *** [all] Error 2<o:p></o:p></pre>
<pre>--- Failed to build dune-mm-amg ---<o:p></o:p></pre>
<pre>Terminating dunecontrol due to previous errors!<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>--<o:p></o:p></pre>
<pre>Dipl.-Math. Henrik Büsing<o:p></o:p></pre>
<pre>Institute for Applied Geophysics and Geothermal Energy<o:p></o:p></pre>
<pre>E.ON Energy Research Center<o:p></o:p></pre>
<pre>RWTH Aachen University<o:p></o:p></pre>
<pre>------------------------------------------------------<o:p></o:p></pre>
<pre>Mathieustr. 10 | Tel +49 (0)241 80 49907<o:p></o:p></pre>
<pre>52074 Aachen, Germany | Fax +49 (0)241 80 49889<o:p></o:p></pre>
<pre>------------------------------------------------------<o:p></o:p></pre>
<pre><a href="http://www.eonerc.rwth-aachen.de/GGE">http://www.eonerc.rwth-aachen.de/GGE</a><o:p></o:p></pre>
<pre><a href="mailto:hbuesing@eonerc.rwth-aachen.de">hbuesing@eonerc.rwth-aachen.de</a><o:p></o:p></pre>
<pre>------------------------------------------------------<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Von: <a href="mailto:dune-bounces+hbuesing=eonerc.rwth-aachen.de@dune-project.org">dune-bounces+hbuesing=eonerc.rwth-aachen.de@dune-project.org</a> [<a href="mailto:dune-bounces+hbuesing=eonerc.rwth-aachen.de@dune-project.org">mailto:dune-bounces+hbuesing=eonerc.rwth-aachen.de@dune-project.org</a>] Im Auftrag von Oliver Sander<o:p></o:p></pre>
<pre>Gesendet: 27 August 2015 14:40<o:p></o:p></pre>
<pre>An: <a href="mailto:dune@dune-project.org">dune@dune-project.org</a><o:p></o:p></pre>
<pre>Betreff: Re: [Dune] Read in matrix and rhs, solve linear system<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Hi,<o:p></o:p></pre>
<pre>to be honest, I have no idea. But for the AMG you don't actually need Boost,<o:p></o:p></pre>
<pre>so if everything else fails you can try to comment-out the Boost-related lines<o:p></o:p></pre>
<pre>in dune-istl/cmake/modules/DuneIstlMacros.cmake.<o:p></o:p></pre>
<pre>Best,<o:p></o:p></pre>
<pre>Oliver<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Am 27.08.2015 um 12:33 schrieb Buesing, Henrik:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Dear Oliver! Dear Markus!<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>I downloaded dune-common, dune-istl and dune-mm-amg. Now I try to build the packages with<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>./dune-common-2.4/bin/dunecontrol --module=dune-mm-amg all --opts=/home/user/Code/Dune/dune.options<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>My options file looks like:<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre># use a custom directory, default is /usr/local/bin<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>CONFIGURE_FLAGS="--prefix='/home/user/Code/Dune'"<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre># Set the default target of make to install. Now the call above will<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre># not just build the DUNE modules but also install it<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>MAKE_FLAGS=install<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre># The default versions of automake and autogen are not sufficient<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre># therefore we need to specify what versions to use<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>AUTOGEN_FLAGS="--ac=2.59 --am=1.9"<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>I'm getting errors complaining about the Boost library. I attached the log. The first error you can find below.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Any ideas what I'm doing wrong here? I have not super user rights on my account.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>@Markus: After compiling can I then run AMG also in parallel? My matrix is quite big (>6 mio unknowns) and thus I benchmark in parallel.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Henrik<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>CMake Error at /usr/lib64/boost/Boost.cmake:16 (ADD_LIBRARY):<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> add_library cannot create imported target "boost_date_time-static" because<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> another target with the same name already exists.<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Call Stack (most recent call first):<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> /usr/lib64/boost/BoostConfig.cmake:28 (include)<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> /home/user/cmake-2.8.11.1/Modules/FindBoost.cmake:177 (find_package)<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> /home/user/Code/Dune/dune-common-2.4/cmake/modules/DuneBoost.cmake:12 (find_package)<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> /home/user/Code/Dune/dune-common-2.4/cmake/modules/FindBoostFusion.cmake:8 (include)<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> cmake/modules/DuneIstlMacros.cmake:2 (find_package)<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> /home/user/Code/Dune/dune-common-2.4/cmake/modules/DuneMacros.cmake:521 (include)<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> /home/user/Code/Dune/dune-common-2.4/cmake/modules/DuneMacros.cmake:664 (dune_process_dependency_macros)<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre> CMakeLists.txt:24 (dune_project)<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre>Dune mailing list<o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><a href="mailto:Dune@dune-project.org">Dune@dune-project.org</a><a href="mailto:Dune@dune-project.org"><mailto:Dune@dune-project.org></a><o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><a href="http://lists.dune-project.org/mailman/listinfo/dune">http://lists.dune-project.org/mailman/listinfo/dune</a><o:p></o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<pre><o:p> </o:p></pre>
<p class="MsoNormal"><br>
<br>
<br>
<o:p></o:p></p>
<pre>_______________________________________________<o:p></o:p></pre>
<pre>Dune mailing list<o:p></o:p></pre>
<pre><a href="mailto:Dune@dune-project.org">Dune@dune-project.org</a><o:p></o:p></pre>
<pre><a href="http://lists.dune-project.org/mailman/listinfo/dune">http://lists.dune-project.org/mailman/listinfo/dune</a><o:p></o:p></pre>
<p class="MsoNormal"><o:p> </o:p></p>
</div>
</div>
</body>
</html>